chemcraft價紹 報考流程指導(dǎo)
- 作者:北京天演融智軟件有限公司 2019-05-04 16:25 760
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Chemcraft包含一組便于量子化計算的圖形工具。它提供了方便的實用程序,有助于準備新的工作來計算和分析計算結(jié)果。其主要功能是對量子化學(xué)包生成的輸出文件的可視化。主要支持的軟件包是Gamess(美國版本和PCGamess)和Gaussian94-09。
Chemcraft對于ADF用戶
Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面:提供了能量的提取、偶極矩的可視化和一些原子性質(zhì),但沒有分子軌道可視化等。
與其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以讀取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem輸出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(這些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶體學(xué)CIF文件和簡單的文本文件與原子的Cartesian坐標。Chemcraft提供了一個通過剪貼板導(dǎo)入/導(dǎo)出文本格式的原子坐標的接口,這有助于使用任何類型的計算數(shù)據(jù)。將原子坐標導(dǎo)出到剪貼板中對于快速創(chuàng)建輸入文件也是有用的。Chemcraft包含一個分數(shù)坐標轉(zhuǎn)換的功能,用于晶體學(xué)測量和Cartesian,反之亦然,用于單元參數(shù)(a,b,c等)。
構(gòu)建分子
Chencraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測:
? 從標準分子片段(自由基等)中構(gòu)建分子,提供了通過自定義剪貼板來補充該片段集并通過剪貼板復(fù)制/粘貼單個片段的可能性;
? 修改分子中的任何幾何參數(shù)(距離、角度、二面角)。該修飾可以伴隨著一個原子、兩個原子或選定的原子群的位移;
? 用鼠標在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉(zhuǎn)碎片的可能性(圖5);
? 應(yīng)用任意幾何參數(shù)集合的迭代算法(圖6);
? 一種易于使用的實用程序,用于將點群應(yīng)用于分子(圖8)。
Chemcraft從NMR計算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中讀取各向同性屏蔽值。提供了一種簡單的工具,用于將它們重新描述成化學(xué)位移和在指定原子組內(nèi)的平均值。
Chemcraft是什么
ChemCraft是與量子化學(xué)軟件一起使用的圖形用戶界面程序,用于顯示化學(xué)數(shù)據(jù)和準備計算任務(wù)。它主要作為Gamess(US)和Gaussian的圖形用戶界面而開發(fā)。
Chemcraft可以調(diào)節(jié)分子中的原子坐標以應(yīng)用特定的對稱性(圖8)。這個工具在研究中非常有用,因為對稱分子比非對稱分子計算得更快。
分子結(jié)構(gòu)合并
Chemcraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具,這些工具可用于準備計算或其他目的的初始猜測。
在使用該實用程序之前,應(yīng)該選擇幾個原子以最大程度地彼此靠近(圖9這些原子標記為白色)。除了這個特性,Chemcraft還可以計算兩個分子之間的均方根差值。
分子繪制的可能性
Chemcraft生成高質(zhì)量的32位分子圖像。它被設(shè)計成一個用于創(chuàng)建發(fā)布就緒圖像的程序,不需要任何額外的修改。圖片可以很容易地在原子/鍵和附加對象,如標簽和線條。Chemcraft包含一個標準顯示方案的集合。每個方案代表一組定義分子外觀的參數(shù):照明參數(shù)、單個原子和鍵的顏色和大小等。圖10說明了四種集合方案。Chemcraft允許用戶更改單個方案的參數(shù),或者將自己的方案添加到集合中。Chemcraft的圖形引擎不需要任何圖形加速或額外的圖形庫。被很好的優(yōu)化并提供,并提供高渲染速度,即使在過時的電腦。
Chemcraft支持一個接口,用于快速創(chuàng)建具有非標準基組的GAMES-US輸入文件的部分(圖4)。從它們的描述中提取基集,可以在PNNL的網(wǎng)頁上獲得。她們還可以由用戶指定gaussians來補充。
Chemcraft對于Gaussian用戶
我們建議在Gaussian輸入文件中輸入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通過Chemcraft實現(xiàn)Gaussian輸入文件的可視化。#P選項支持擴展打印輸出;GFINPUT選項允許打印基組信息(基組中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子軌道系數(shù)(POP(REGULAR)也可以使用)。后兩個關(guān)鍵詞允許Chemcraft可視化分子軌道。POP(NBO)實現(xiàn)了自然鍵軌道分析的打印輸出,其中計算了分子中的鍵。所有這些關(guān)鍵詞都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以從文件中看到不同的數(shù)據(jù):原子核上的能量(能量梯度)、原子電荷、自旋密度和其他原子屬性、NBO鍵屬性(使用量、能量)、正常模式、分子軌道(Cartesian(6d等)或internal(5d)函數(shù)都可以被可視化),MO能量。從文件中讀取標準或輸入/ Z矩陣方向上的坐標并顯示在圖像上(這是為了正確地可視原子核上的能量所必需的,因為它們通常以不同于其他屬性的排列方向打?。τ谀芰勘砻鎾呙韬虸RC作業(yè),所有幾何形狀按掃描步驟分組。對于每一個幾何或振動模式,最基本的數(shù)據(jù)概述并以“摘要”的形式顯示(SCF能量,收斂標準等)。Chemcraft讀取多步驟Gaussian作業(yè),然后呈現(xiàn)為幾個擴展節(jié)點的列表,每個節(jié)點表示文件中的單個作業(yè)。除了Gaussian輸出文件外,Chemcraft還可以讀取Formatted Checkpoint文件(.fch), 從文件中提取分子結(jié)構(gòu)和軌道。對于分子軌道和其他性質(zhì)的可視化,Gaussian立方體文件也可以讀取。
Chemcraft提供了輸出文件以結(jié)構(gòu)化的形式呈現(xiàn)。被讀取的文件被分成單獨的元素,例如單獨的幾何形狀或振動模式。對于每個元素,從文件中提取所有可用數(shù)據(jù):原子坐標、能量梯度等。所有元素都呈現(xiàn)在分層列表中(圖1)。單擊列表中的元素自動顯示圖像上的單獨幾何或模式,并允許顯示不同的屬性。該接口提供了計算數(shù)據(jù)的可靠可視化,包括非標準類型的計算、不完整的計算等。它還允許具有多個計算任務(wù)的復(fù)雜文件被可視化。對于能量掃描或IRC計算,通過掃描/IRC步驟將所有幾何結(jié)構(gòu)分成組。除了圖形的數(shù)據(jù)表示之外,Chemcraft概述了輸出文件的最基本部分,并為文件的每個元素顯示了一個簡短的“摘要”。
Chemcraft對于Gaussian用戶
我們建議在Gaussian輸入文件中輸入#P GFINPUT POP(FULL, NBO),以通過Chemcraft實現(xiàn)Gaussian輸入文件的可視化。#P選項支持擴展打印輸出;GFINPUT選項允許打印基組信息(基組中的基元的描述),而POP(FULL)可打印所有分子軌道系數(shù)(POP(REGULAR)也可以使用)。后兩個關(guān)鍵詞允許Chemcraft可視化分子軌道。POP(NBO)實現(xiàn)了自然鍵軌道分析的打印輸出,其中計算了分子中的鍵。所有這些關(guān)鍵詞都是可取的,但不是必需的。至于GAMES文件,可以從文件中看到不同的數(shù)據(jù):原子核上的能量(能量梯度)、原子電荷、自旋密度和其他原子屬性、NBO鍵屬性(使用量、能量)、正常模式、分子軌道(Cartesian(6d等)或internal(5d)函數(shù)都可以被可視化),MO能量。從文件中讀取標準或輸入/ Z矩陣方向上的坐標并顯示在圖像上(這是為了正確地可視原子核上的能量所必需的,因為它們通常以不同于其他屬性的排列方向打?。?。對于能量表面掃描和IRC作業(yè),所有幾何形狀按掃描步驟分組。對于每一個幾何或振動模式,最基本的數(shù)據(jù)概述并以“摘要”的形式顯示(SCF能量,收斂標準等)。Chemcraft讀取多步驟Gaussian作業(yè),然后呈現(xiàn)為幾個擴展節(jié)點的列表,每個節(jié)點表示文件中的單個作業(yè)。除了Gaussian輸出文件外,Chemcraft還可以讀取Formatted Checkpoint文件(.fch), 從文件中提取分子結(jié)構(gòu)和軌道。對于分子軌道和其他性質(zhì)的可視化,Gaussian立方體文件也可以讀取。
Chemcraft從NMR計算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中讀取各向同性屏蔽值。提供了一種簡單的工具,用于將它們重新描述成化學(xué)位移和在指定原子組內(nèi)的平均值。
Chemcraft包含一組便于量子化計算的圖形工具。它提供了方便的實用程序,有助于準備新的工作來計算和分析計算結(jié)果。其主要功能是對量子化學(xué)包生成的輸出文件的可視化。主要支持的軟件包是Gamess(美國版本和PCGamess)和Gaussian94-09。
創(chuàng)建動畫效果
Chemcraft的Windows版本可以保存多個位圖文件或動畫GIF文件形式的分子動畫圖片。下面的動畫類型提供:分子旋轉(zhuǎn)的動畫、振動頻率和PES掃描的動畫。
系統(tǒng)需求
Chemcraft適用于Windows和Linux系統(tǒng)。
Chemcraft從NMR計算(GIAO,CSGT)的Gaussian日志文件中讀取各向同性屏蔽值。提供了一種簡單的工具,用于將它們重新描述成化學(xué)位移和在指定原子組內(nèi)的平均值。
Chemcraft對于ADF用戶
Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前,ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面:提供了能量的提取、偶極矩的可視化和一些原子性質(zhì),但沒有分子軌道可視化等。
與其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件,Chemcraft可以讀取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem輸出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件(這些格式未被全面支持)和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式(.31-.40文件)、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶體學(xué)CIF文件和簡單的文本文件與原子的Cartesian坐標。Chemcraft提供了一個通過剪貼板導(dǎo)入/導(dǎo)出文本格式的原子坐標的接口,這有助于使用任何類型的計算數(shù)據(jù)。將原子坐標導(dǎo)出到剪貼板中對于快速創(chuàng)建輸入文件也是有用的。Chemcraft包含一個分數(shù)坐標轉(zhuǎn)換的功能,用于晶體學(xué)測量和Cartesian,反之亦然,用于單元參數(shù)(a,b,c等)。
分子繪制的可能性
Chemcraft生成高質(zhì)量的32位分子圖像。它被設(shè)計成一個用于創(chuàng)建發(fā)布就緒圖像的程序,不需要任何額外的修改。圖片可以很容易地在原子/鍵和附加對象,如標簽和線條。Chemcraft包含一個標準顯示方案的集合。每個方案代表一組定義分子外觀的參數(shù):照明參數(shù)、單個原子和鍵的顏色和大小等。圖10說明了四種集合方案。Chemcraft允許用戶更改單個方案的參數(shù),或者將自己的方案添加到集合中。Chemcraft的圖形引擎不需要任何圖形加速或額外的圖形庫。被很好的優(yōu)化并提供,并提供高渲染速度,即使在過時的電腦。
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