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    當(dāng)“拖動(dòng)”原子或執(zhí)行其他結(jié)構(gòu)修改時(shí)，任何幾何參數(shù)都可以控制在圖像上（見圖5）。Chemcraft的界面允許人們輕松地改變?nèi)魏卧拥念愋突虿迦?移除一個(gè)鍵。Chemcraft提供了快速獲取Z矩陣的實(shí)用工具。Z矩陣是通過(guò)點(diǎn)擊分子中的原子并指定一些附加信息來(lái)建立的（圖7）。在使用這個(gè)工具之前，首先應(yīng)該在Cartesian坐標(biāo)中獲得分子的結(jié)構(gòu)。所有用于構(gòu)建分子的上述工具都可用于此目的。
    構(gòu)建分子
    Chencraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具，這些工具可用于準(zhǔn)備計(jì)算或其他目的的初始猜測(cè)：
    ? 從標(biāo)準(zhǔn)分子片段（自由基等）中構(gòu)建分子，提供了通過(guò)自定義剪貼板來(lái)補(bǔ)充該片段集并通過(guò)剪貼板復(fù)制/粘貼單個(gè)片段的可能性；
    ? 修改分子中的任何幾何參數(shù)（距離、角度、二面角）。該修飾可以伴隨著一個(gè)原子、兩個(gè)原子或選定的原子群的位移；
    ? 用鼠標(biāo)在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉(zhuǎn)碎片的可能性（圖5）；
    ? 應(yīng)用任意幾何參數(shù)集合的迭代算法（圖6）；
    ? 一種易于使用的實(shí)用程序，用于將點(diǎn)群應(yīng)用于分子（圖8）。
    ? 不同的原子屬性可以以標(biāo)簽的形式顯示：Mulliken種群和電荷、自旋密度、價(jià)態(tài)；
    ? 鍵序（以標(biāo)簽的形式顯示在結(jié)合物上）；
    ? 分子軌道可視為等值面或彩色平面；
    ? 振動(dòng)模式可以動(dòng)畫或以指針的形式（位移矢量）顯示；
    ? 偶極矩可視為指針；
    ? MO能量可以以數(shù)字形式顯示。
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    分子繪制的可能性
    Chemcraft生成高質(zhì)量的32位分子圖像。它被設(shè)計(jì)成一個(gè)用于創(chuàng)建發(fā)布就緒圖像的程序，不需要任何額外的修改。圖片可以很容易地在原子/鍵和附加對(duì)象，如標(biāo)簽和線條。Chemcraft包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)顯示方案的集合。每個(gè)方案代表一組定義分子外觀的參數(shù)：照明參數(shù)、單個(gè)原子和鍵的顏色和大小等。圖10說(shuō)明了四種集合方案。Chemcraft允許用戶更改單個(gè)方案的參數(shù)，或者將自己的方案添加到集合中。Chemcraft的圖形引擎不需要任何圖形加速或額外的圖形庫(kù)。被很好的優(yōu)化并提供，并提供高渲染速度，即使在過(guò)時(shí)的電腦。
    Chemcraft包含一組便于量子化計(jì)算的圖形工具。

    分子軌道可視化的例子
    Chemcraft支持一個(gè)接口，用于快速創(chuàng)建具有非標(biāo)準(zhǔn)基組的GAMES-US輸入文件的部分（圖4）。從它們的描述中提取基集，可以在PNNL的網(wǎng)頁(yè)上獲得
    /forms/basisform.html)。她們還可以由用戶指定gaussians來(lái)補(bǔ)充。

    Chemcraft對(duì)于Gaussian用戶
    我們建議在Gaussian輸入文件中輸入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通過(guò)Chemcraft實(shí)現(xiàn)Gaussian輸入文件的可視化。#P選項(xiàng)支持?jǐn)U展打印輸出；GFINPUT選項(xiàng)允許打印基組信息（基組中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子軌道系數(shù)(POP(REGULAR)也可以使用)。后兩個(gè)關(guān)鍵詞允許Chemcraft可視化分子軌道。POP（NBO）實(shí)現(xiàn)了自然鍵軌道分析的打印輸出，其中計(jì)算了分子中的鍵。所有這些關(guān)鍵詞都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以從文件中看到不同的數(shù)據(jù)：原子核上的能量（能量梯度）、原子電荷、自旋密度和其他原子屬性、NBO鍵屬性（使用量、能量）、正常模式、分子軌道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函數(shù)都可以被可視化），MO能量。從文件中讀取標(biāo)準(zhǔn)或輸入/ Z矩陣方向上的坐標(biāo)并顯示在圖像上（這是為了正確地可視原子核上的能量所必需的，因?yàn)樗鼈兺ǔＲ圆煌谄渌麑傩缘呐帕蟹较虼蛴。?。?duì)于能量表面掃描和IRC作業(yè)，所有幾何形狀按掃描步驟分組。對(duì)于每一個(gè)幾何或振動(dòng)模式，最基本的數(shù)據(jù)概述并以“摘要”的形式顯示（SCF能量，收斂標(biāo)準(zhǔn)等）。Chemcraft讀取多步驟Gaussian作業(yè)，然后呈現(xiàn)為幾個(gè)擴(kuò)展節(jié)點(diǎn)的列表，每個(gè)節(jié)點(diǎn)表示文件中的單個(gè)作業(yè)。除了Gaussian輸出文件外，Chemcraft還可以讀取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 從文件中提取分子結(jié)構(gòu)和軌道。對(duì)于分子軌道和其他性質(zhì)的可視化，Gaussian立方體文件也可以讀取。


    1.Interface of Chemcraft.
    Chemcraft for Gamess users
    Chemcraft provides very detailed visualization of Gamess-US output files. The following data from the files can be presented graphically:

    - Atomic coordinates (corresponding to either all or symmetry unique atoms, if corresponding tables are presented in the file);

    - If bond order analysis is presented in the file, bonds from the file are shown on the image (otherwise, bonds are calculated by distance algorithm);

    - Energy gradient can be shown in the form of pointers (fig. 2);

    - Different atomic properties can be shown as labels on atoms: Mulliken populations and charges, spin densities, valences;



    Chemcraft提供了輸出文件以結(jié)構(gòu)化的形式呈現(xiàn)。被讀取的文件被分成單獨(dú)的元素，例如單獨(dú)的幾何形狀或振動(dòng)模式。對(duì)于每個(gè)元素，從文件中提取所有可用數(shù)據(jù)：原子坐標(biāo)、能量梯度等。所有元素都呈現(xiàn)在分層列表中（圖1）。單擊列表中的元素自動(dòng)顯示圖像上的單獨(dú)幾何或模式，并允許顯示不同的屬性。該接口提供了計(jì)算數(shù)據(jù)的可靠可視化，包括非標(biāo)準(zhǔn)類型的計(jì)算、不完整的計(jì)算等。它還允許具有多個(gè)計(jì)算任務(wù)的復(fù)雜文件被可視化。對(duì)于能量掃描或IRC計(jì)算，通過(guò)掃描/IRC步驟將所有幾何結(jié)構(gòu)分成組。除了圖形的數(shù)據(jù)表示之外，Chemcraft概述了輸出文件的最基本部分，并為文件的每個(gè)元素顯示了一個(gè)簡(jiǎn)短的“摘要”。


    Chemcraft從Gamess-US輸出文件中提取分子軌道系數(shù)和基組信息，以等密度面的形式呈現(xiàn)分子軌道或由密度值著色的表面（平面、球體）（參加圖3）。Chemcraft提供用軌道執(zhí)行操作的一些可能性（例如將一個(gè)軌道乘以另一個(gè)軌道）。創(chuàng)建軌道的公式取自GAMESS-US分發(fā)的PLTROB程序的源代碼。用密度值計(jì)算立方體能被很好地優(yōu)化。注意，如果文件中有多個(gè)分子軌道系數(shù)表，Chemcraft可以提取它們中的每一個(gè)并允許它們被渲染（例如，在MCSCF計(jì)算中，可以顯示規(guī)范或自然軌道）。除了軌道的可視化，Chemcraft還提供了一個(gè)簡(jiǎn)單實(shí)用的工具，用于自動(dòng)確定原子軌道形成每個(gè)分子軌道，這對(duì)分析軌道很有用。
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    -/gjjiac/-

    北京天演融智軟件有限公司（亦稱：融智軟件）前身是北京世紀(jì)天演科技有限公司，成立于2001年，專注為國(guó)內(nèi)高校、科研院所和以研發(fā)為主的企事業(yè)單位提供優(yōu)秀科研軟件和服務(wù)的。 科學(xué)軟件網(wǎng)是一個(gè)以引進(jìn)國(guó)外優(yōu)秀科研軟件，提供軟件服務(wù)的營(yíng)業(yè)網(wǎng)站，網(wǎng)站由北京天演融智軟件有限公司創(chuàng)辦，旨在為國(guó)內(nèi)高校、科研院所和以研發(fā)為主的企業(yè)事業(yè)單位提供優(yōu)秀的科研軟件及相關(guān)軟件服務(wù)。截止目前，科學(xué)軟件網(wǎng)已獲得數(shù)百家世界軟件公司正式授權(quán)，代理銷售科研軟件達(dá)一千余種，軟件涵蓋領(lǐng)域包括經(jīng)管，電力系統(tǒng)模擬，地球地理，生物化學(xué)，工程科學(xué)，排版及網(wǎng)絡(luò)管理等。同時(shí)，還提供專業(yè)培訓(xùn)、視頻課程（包含34款軟件，64門課程）、實(shí)驗(yàn)室解決方案和項(xiàng)目咨詢等服務(wù)。    不管您是需要購(gòu)買單款軟件，還是制定整個(gè)實(shí)驗(yàn)室的購(gòu)買方案，都可以提供。   重點(diǎn)經(jīng)管類軟件SPSS
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