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    在使用該實用程序之前，應(yīng)該選擇幾個原子以最大程度地彼此靠近（圖9這些原子標(biāo)記為白色）。除了這個特性，Chemcraft還可以計算兩個分子之間的均方根差值。
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    Chemcraft從NMR計算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中讀取各向同性屏蔽值。提供了一種簡單的工具，用于將它們重新描述成化學(xué)位移和在指定原子組內(nèi)的平均值。


    Chemcraft對于ADF用戶
    Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面：提供了能量的提取、偶極矩的可視化和一些原子性質(zhì)，但沒有分子軌道可視化等。


    與其他格式一起工作
    除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以讀取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem輸出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（這些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶體學(xué)CIF文件和簡單的文本文件與原子的Cartesian坐標(biāo)。Chemcraft提供了一個通過剪貼板導(dǎo)入/導(dǎo)出文本格式的原子坐標(biāo)的接口，這有助于使用任何類型的計算數(shù)據(jù)。將原子坐標(biāo)導(dǎo)出到剪貼板中對于快速創(chuàng)建輸入文件也是有用的。Chemcraft包含一個分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換的功能，用于晶體學(xué)測量和Cartesian，反之亦然，用于單元參數(shù)（a,b,c等）。
    Chemcraft包含一組便于量子化計算的圖形工具。它提供了方便的實用程序，有助于準(zhǔn)備新的工作來計算和分析計算結(jié)果。其主要功能是對量子化學(xué)包生成的輸出文件的可視化。主要支持的軟件包是Gamess（美國版本和PCGamess）和Gaussian94-09。
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    ? 不同的原子屬性可以以標(biāo)簽的形式顯示：Mulliken種群和電荷、自旋密度、價態(tài)；
    ? 鍵序（以標(biāo)簽的形式顯示在結(jié)合物上）；
    ? 分子軌道可視為等值面或彩色平面；
    ? 振動模式可以動畫或以指針的形式（位移矢量）顯示；
    ? 偶極矩可視為指針；
    ? MO能量可以以數(shù)字形式顯示。
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    Chemcraft支持一個接口，用于快速創(chuàng)建具有非標(biāo)準(zhǔn)基組的GAMES-US輸入文件的部分（圖4）。從它們的描述中提取基集，可以在PNNL的網(wǎng)頁上獲得。她們還可以由用戶指定gaussians來補充。


    Chemcraft對于Gaussian用戶
    我們建議在Gaussian輸入文件中輸入#P GFINPUT POP(FULL, NBO)，以通過Chemcraft實現(xiàn)Gaussian輸入文件的可視化。#P選項支持?jǐn)U展打印輸出；GFINPUT選項允許打印基組信息（基組中的基元的描述），而POP(FULL)可打印所有分子軌道系數(shù)(POP(REGULAR)也可以使用)。后兩個關(guān)鍵詞允許Chemcraft可視化分子軌道。POP（NBO）實現(xiàn)了自然鍵軌道分析的打印輸出，其中計算了分子中的鍵。所有這些關(guān)鍵詞都是可取的，但不是必需的。至于GAMES文件，可以從文件中看到不同的數(shù)據(jù)：原子核上的能量（能量梯度）、原子電荷、自旋密度和其他原子屬性、NBO鍵屬性（使用量、能量）、正常模式、分子軌道（Cartesian（6d等）或internal（5d）函數(shù)都可以被可視化），MO能量。從文件中讀取標(biāo)準(zhǔn)或輸入/ Z矩陣方向上的坐標(biāo)并顯示在圖像上（這是為了正確地可視原子核上的能量所必需的，因為它們通常以不同于其他屬性的排列方向打印）。對于能量表面掃描和IRC作業(yè)，所有幾何形狀按掃描步驟分組。對于每一個幾何或振動模式，最基本的數(shù)據(jù)概述并以“摘要”的形式顯示（SCF能量，收斂標(biāo)準(zhǔn)等）。Chemcraft讀取多步驟Gaussian作業(yè)，然后呈現(xiàn)為幾個擴展節(jié)點的列表，每個節(jié)點表示文件中的單個作業(yè)。除了Gaussian輸出文件外，Chemcraft還可以讀取Formatted Checkpoint文件（.fch）, 從文件中提取分子結(jié)構(gòu)和軌道。對于分子軌道和其他性質(zhì)的可視化，Gaussian立方體文件也可以讀取。
    Chemcraft對于Gamess用戶
    Chemcraft給Gamess-US輸出文件提供了非常詳細的可視化。文件中的下列數(shù)據(jù)可以以圖形方式呈現(xiàn)：
    ? 原子坐標(biāo)（對應(yīng)于所有或?qū)ΨQ唯一的原子，如果在文件中呈現(xiàn)對應(yīng)的表）；
    ? 如果文件中給出了鍵階分析，文件中的結(jié)合物顯示在圖像上（否則通過距離算法計算結(jié)合物）；
    ? 能量梯度可以以指針的形式顯示（圖2）；
    構(gòu)建分子
    Chencraft支持一組用于構(gòu)造分子結(jié)構(gòu)的工具，這些工具可用于準(zhǔn)備計算或其他目的的初始猜測：
    ? 從標(biāo)準(zhǔn)分子片段（自由基等）中構(gòu)建分子，提供了通過自定義剪貼板來補充該片段集并通過剪貼板復(fù)制/粘貼單個片段的可能性；
    ? 修改分子中的任何幾何參數(shù)（距離、角度、二面角）。該修飾可以伴隨著一個原子、兩個原子或選定的原子群的位移；
    ? 用鼠標(biāo)在分子圖像上拖曳原子或碎片或旋轉(zhuǎn)碎片的可能性（圖5）；
    ? 應(yīng)用任意幾何參數(shù)集合的迭代算法（圖6）；
    ? 一種易于使用的實用程序，用于將點群應(yīng)用于分子（圖8）。
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    Chemcraft是什么
    ChemCraft是與量子化學(xué)軟件一起使用的圖形用戶界面程序，用于顯示化學(xué)數(shù)據(jù)和準(zhǔn)備計算任務(wù)。它主要作為Gamess(US)和Gaussian的圖形用戶界面而開發(fā)。
    Chemcraft對于ADF用戶
    Chemcraft讀取ADF輸出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF輸出文件的可視化不如GAMESS或Gaussian文件的可視化那樣全面：提供了能量的提取、偶極矩的可視化和一些原子性質(zhì)，但沒有分子軌道可視化等。
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