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    The algorithms which produce them are doing different tasks. An MSA, which will be your starting point for phylogenetic analysis, is created using specialized algorithms which will need to insert gaps in order to maximize the number of matching bases.
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    This step of the proceedings has been the undoing of many when attempting on the command line and, because these analyses can take many hours, especially if you have many samples/conditions, you don't want to get it wrong.
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