水族館循環(huán)用水，如過濾不善，一旦發(fā)生魚病就會(huì)傳播整個(gè)水族館。世界上對(duì)淡水魚病的研究較為深入，治療方法較為有效；但對(duì)海水魚病的研究才發(fā)展起來，許多治療方法還處在探索階段。對(duì)水族館魚病應(yīng)著重預(yù)防，一要保持水質(zhì)潔凈，及時(shí)清除殘?jiān)?，以免滋生?xì)菌而感染魚??；二要保持適宜水溫，充足的氧氣，以免魚類因水溫不適或缺氧而致?。蝗D料新鮮，喂養(yǎng)得法，以保持魚類有足夠的營養(yǎng)，使生長發(fā)育正常，增強(qiáng)對(duì)疾病的抵抗力。對(duì)新捕來的魚要先在暫養(yǎng)池中隔離觀察。特別是對(duì)國外或別處運(yùn)來的動(dòng)物必須進(jìn)行嚴(yán)格檢疫，證明確無疾病后方能放入飼養(yǎng)池。飼養(yǎng)池在放養(yǎng)前應(yīng)徹底消毒。

大型水族館的設(shè)計(jì)必須考慮到各個(gè)品種的要求；尤其是因?yàn)楝F(xiàn)代水族館的展品包括各種水生生物體；哺乳類、鳥類、爬蟲類、兩生動(dòng)物、無脊椎動(dòng)物和魚類。在必須考慮的諸多因素中有游客流動(dòng)型式，玻璃的反射、音響效果以及諸如水的清晰度、溶解的排泄物、溫度，水箱裝飾、疾病治療及營養(yǎng)等水箱放養(yǎng)問題。
放養(yǎng)水生生物的主要要求是水的品質(zhì)。水源不允許有污染物質(zhì)，如污水和工業(yè)廢料；水中的氣體必須與大氣平衡，保證水中有充分的氧氣；同時(shí)避免氮的過飽和狀態(tài)。在再循環(huán)系統(tǒng)中，水的處理不僅要確保水的清晰，還要確保排泄物的凈化。淡水源通常要使供水用炭過濾或投入化學(xué)藥品，除去其中的氯和其他添加劑。海洋生物體可放養(yǎng)在自然海水或人造海水中。人造海水的優(yōu)點(diǎn)是沒有致病的生物體和污染物，但對(duì)某些生物可能不那麼合適。