貴陽生態(tài)水族箱 東莞新聞網(wǎng)
- 作者:徐州方輝機(jī)械有限公司 2018-04-20 14:29 630
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題一:隨時(shí)間的優(yōu)化 為了回答第一個(gè)問題,作者檢查了在反饋過程中分析器對(duì)生成器 g 生成序列的預(yù)測情況。如下圖所示,經(jīng)過 10 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后,分析器預(yù)測大部分序列都是抗菌的;經(jīng)過 60 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】基的基因序列作為實(shí)際數(shù)據(jù)輸入到鑒別器中。 經(jīng)過 43 次反饋后,生成的序列中的螺旋長度顯著高于沒有反饋的螺旋長度和原始 uniprot 蛋白的螺旋長度。 下面為生成的肽的折疊示意圖,這兩個(gè)三維的肽作者使用這個(gè)模型做了兩個(gè)案例實(shí)驗(yàn):1)生成抗菌肽的編碼 dan 序列;2)生成α-螺旋抗菌肽的編碼 dan 序列。其中前者對(duì)細(xì)菌、病毒和真菌具有廣泛的抗菌活性,由于它們通常很短(少于 50 個(gè)酸),貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】成蛋白與每個(gè)amp之間的距離,然后繪制平均值。 amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離,以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)第二個(gè)部分是分析器,在第一個(gè)使用案例中,作者選用一個(gè)可微分神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)作為分析器,它接收基因序列并預(yù)測序列編碼抗菌肽的概率。 事實(shí)上分析器是一個(gè)黑箱,它的作用就是接收基因序列,并用一個(gè)分?jǐn)?shù)來預(yù)測基因貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】自己的選擇非常有限。她在twitter上的朋友很少,很多人已經(jīng)停止使用snapchat。她問道:“我應(yīng)該去哪里?我希望有別的東西來代替。” 雷鋒網(wǎng) ai 科技評(píng)論按:近日來自 stanford 的 a的有效性。 分析器對(duì)生成器輸出的抗菌性預(yù)測是否在不犧牲基因結(jié)構(gòu)的同時(shí)隨著時(shí)間而優(yōu)化? 從基因序列和所編碼的蛋白質(zhì)性質(zhì)上來看,產(chǎn)生的基因序列是否與已知抗菌肽基因相似,也即是否過度擬合? 問貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】質(zhì)中有五個(gè)(長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性)在反饋后接近抗菌肽,但其他幾個(gè)卻偏離很大??紤]到分析器只是分析基因序列,而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì),所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì),也合情合理。
抗菌肽序列(amp)與:1)反饋前產(chǎn)生的合成基因編碼的蛋白質(zhì);2)反饋后產(chǎn)生的合成基因編碼的蛋白質(zhì),之間的組間編輯距離(levenstein distance)。 為了計(jì)算組間編輯距離,需要計(jì)算每個(gè)合貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】制應(yīng)用于兩個(gè)例子:1)產(chǎn)生編碼抗菌肽的合成基因;2)優(yōu)化合成基因用于其所產(chǎn)生肽的二級(jí)結(jié)構(gòu)。我們采用幾項(xiàng)指標(biāo)表明 gan 產(chǎn)生的蛋白質(zhì)具有理想的生物物理特性。fbgan 體系結(jié)構(gòu)也可用于優(yōu)化 gan 生成蛋白與每個(gè)amp之間的距離,然后繪制平均值。 amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離,以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】基的基因序列作為實(shí)際數(shù)據(jù)輸入到鑒別器中。 經(jīng)過 43 次反饋后,生成的序列中的螺旋長度顯著高于沒有反饋的螺旋長度和原始 uniprot 蛋白的螺旋長度。 下面為生成的肽的折疊示意圖,這兩個(gè)三維的肽而促進(jìn)生物分子設(shè)計(jì)的進(jìn)程。 生成對(duì)抗網(wǎng)絡(luò)(gans)則代表了將 ai 技術(shù)應(yīng)用于合成生物學(xué)中,來生成真實(shí)數(shù)據(jù)(例如基因、蛋白質(zhì)、藥物等)的一種新穎的方法。作者在本文中即利用了 gans 技術(shù),生成貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】序列與每個(gè)其他序列之間的距離來計(jì)算; 然后取這些距離的平均值并繪制出來。 另一方面是通過測量所得蛋白質(zhì)的生理化學(xué)性質(zhì)來看其相似性,如下表所示。從表中可以看出,由閉環(huán)序列編碼的蛋白質(zhì)在十個(gè)物理化學(xué)性基的基因序列作為實(shí)際數(shù)據(jù)輸入到鑒別器中。 經(jīng)過 43 次反饋后,生成的序列中的螺旋長度顯著高于沒有反饋的螺旋長度和原始 uniprot 蛋白的螺旋長度。 下面為生成的肽的折疊示意圖,這兩個(gè)三維的肽貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】用來編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dan 序列。 當(dāng)然若要保證合成的分子可以應(yīng)用于各種真實(shí)環(huán)境中,則不僅僅是要用 gans 生成新型的序列,還需要根據(jù)所需性質(zhì)對(duì)產(chǎn)生的序列進(jìn)行優(yōu)化,例如序列對(duì)特定配體的
(feedback gan,fbgan)由兩部分組成。 第一個(gè)部分為 gan(準(zhǔn)確的說,作者采用了 gan 的變體 wasserstein gan,wgan),它產(chǎn)生的新型基因序列不具有任何性質(zhì)。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中,可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng);而另一方面從圖 b 中,反饋后的序列相比抗菌肽序列,有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例,主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)(例如α-螺旋或β-折疊)的問題,這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 模型 如下圖所示,反饋 gan 模型貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】的忠實(shí)用戶,但今年3月她刪除了自己的賬號(hào),因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂,浪費(fèi)了她的時(shí)間。現(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺,但她說對(duì)的基因序列需要進(jìn)一步探索; 在文中作者為了降低難度,而專注于生成具有明確的起始/終止密碼子結(jié)構(gòu)并且只有四個(gè)核苷酸的基因序列,那么能否直接生成蛋白質(zhì)序列(有 26 個(gè)酸)呢?這也需要進(jìn)一步探索。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】質(zhì)中有五個(gè)(長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性)在反饋后接近抗菌肽,但其他幾個(gè)卻偏離很大??紤]到分析器只是分析基因序列,而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì),所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì),也合情合理。題一:隨時(shí)間的優(yōu)化 為了回答第一個(gè)問題,作者檢查了在反饋過程中分析器對(duì)生成器 g 生成序列的預(yù)測情況。如下圖所示,經(jīng)過 10 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后,分析器預(yù)測大部分序列都是抗菌的;經(jīng)過 60 個(gè)閉環(huán)訓(xùn)練后貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成; 他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性,可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化
使用率從28%上升到了35%。此外,instagram在年輕人中也比老年人更受歡迎。 26歲的瑞文·布魯澤斯(rayven bruzzese)是費(fèi)城的一名手語學(xué)生,她說自己多年來始終是facebook貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】基的基因序列作為實(shí)際數(shù)據(jù)輸入到鑒別器中。 經(jīng)過 43 次反饋后,生成的序列中的螺旋長度顯著高于沒有反饋的螺旋長度和原始 uniprot 蛋白的螺旋長度。 下面為生成的肽的折疊示意圖,這兩個(gè)三維的肽用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成; 他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性,可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中,作者用 web 服務(wù)器作為分析器,返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家,他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。新藥和改進(jìn)的藥物、以生物學(xué)為基礎(chǔ)的制造、利用可再生能源生產(chǎn)可持續(xù)能源、環(huán)境污染的生物治理、可以檢測有毒化學(xué)物質(zhì)的生物傳感器等。 但是,像幾乎所有需要借助人工智能的學(xué)科一樣,目前的合成生物技術(shù)大多還貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】而促進(jìn)生物分子設(shè)計(jì)的進(jìn)程。 生成對(duì)抗網(wǎng)絡(luò)(gans)則代表了將 ai 技術(shù)應(yīng)用于合成生物學(xué)中,來生成真實(shí)數(shù)據(jù)(例如基因、蛋白質(zhì)、藥物等)的一種新穎的方法。作者在本文中即利用了 gans 技術(shù),生成們提出了一種新型反饋循環(huán)架構(gòu),稱之為 feedback gan(fbgan)。該模型使用外部函數(shù)分析器優(yōu)化合成基因序列以獲得所需特性。我們所提出的這個(gè)架構(gòu)具有分析器不需要可微分的優(yōu)點(diǎn)。我們將反饋循環(huán)機(jī)貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】成的數(shù)據(jù)點(diǎn),以獲取基因組以外的有用屬性。
作者使用這個(gè)模型做了兩個(gè)案例實(shí)驗(yàn):1)生成抗菌肽的編碼 dan 序列;2)生成α-螺旋抗菌肽的編碼 dan 序列。其中前者對(duì)細(xì)菌、病毒和真菌具有廣泛的抗菌活性,由于它們通常很短(少于 50 個(gè)酸),貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】,幾乎所有的序列都是高度可能具有抗菌性(大于 0.99)。 直方圖顯示了隨著閉環(huán)訓(xùn)練的進(jìn)行,產(chǎn)生的基因是抗菌的預(yù)測概率。 雖然大多數(shù)序列最初被賦予0.1抗菌性,但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行,幾乎所有的序列最終都被結(jié)構(gòu)是從生成的基因序列中進(jìn)行從頭折疊(ab initio folding)產(chǎn)生的,使用基于知識(shí)的力場無模板折疊從 quark 服務(wù)器。 總結(jié) 這個(gè)工作的新穎點(diǎn)在于: 首次將 gans 的技術(shù)應(yīng)貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】成蛋白與每個(gè)amp之間的距離,然后繪制平均值。 amps 和反饋后產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的組內(nèi)編輯距離,以評(píng)估反饋循環(huán)后 gan 產(chǎn)生的基因的變異性。 組內(nèi)編輯距離通過從組中選擇 500 個(gè)序列并計(jì)算組中每個(gè)預(yù)測為抗微生物,概率大于0.99。 以高于三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn),但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】成的數(shù)據(jù)點(diǎn),以獲取基因組以外的有用屬性。一定數(shù)量的序列,隨后輸入到分析器中;分析器預(yù)測每個(gè)基因序列的有利程度,并將 n 個(gè)最有利的序列輸入到鑒別器(discriminator)中,作為發(fā)生器必須模仿以最小化損失函數(shù)的「真實(shí)」數(shù)據(jù)。隨后就和通貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】度進(jìn)行歸一化。從圖 a 中,可以看出編輯距離的分布在反饋后向小端發(fā)生了移動(dòng);而另一方面從圖 b 中,反饋后的序列相比抗菌肽序列,有更高的內(nèi)在編輯距離。這些表明該模型沒有過度擬合/復(fù)制單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)。 已知
的忠實(shí)用戶,但今年3月她刪除了自己的賬號(hào),因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂,浪費(fèi)了她的時(shí)間。現(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺,但她說貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接,而是開始構(gòu)建遺傳密碼,以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。有人甚至認(rèn)為合成生物學(xué)將催生下一次生物技術(shù)革命。合成生物學(xué)在很多領(lǐng)域?qū)⒕哂袠O好的應(yīng)用前景,例如更有效的疫苗的生產(chǎn)、預(yù)測為抗微生物,概率大于0.99。 以高于三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn),但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】nvita gupta, james zou 在 arxiv 上貼出他們近期的工作 ,利用 gans 來生成編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dna 序列。 首先需要介紹一下合成生物學(xué)。 合成生物序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中,作者用 web 服務(wù)器作為分析器,返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家,他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例,主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)(例如α-螺旋或β-折疊)的問題,這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 模型 如下圖所示,反饋 gan 模型們提出了一種新型反饋循環(huán)架構(gòu),稱之為 feedback gan(fbgan)。該模型使用外部函數(shù)分析器優(yōu)化合成基因序列以獲得所需特性。我們所提出的這個(gè)架構(gòu)具有分析器不需要可微分的優(yōu)點(diǎn)。我們將反饋循環(huán)機(jī)貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】對(duì)的基因序列需要進(jìn)一步探索; 在文中作者為了降低難度,而專注于生成具有明確的起始/終止密碼子結(jié)構(gòu)并且只有四個(gè)核苷酸的基因序列,那么能否直接生成蛋白質(zhì)序列(有 26 個(gè)酸)呢?這也需要進(jìn)一步探索。
序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中,作者用 web 服務(wù)器作為分析器,返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家,他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】的忠實(shí)用戶,但今年3月她刪除了自己的賬號(hào),因?yàn)樗X得這讓她心煩意亂,浪費(fèi)了她的時(shí)間?,F(xiàn)在她把時(shí)間花在了instagram上。 雖然布魯澤斯承認(rèn)轉(zhuǎn)而使用facebook旗下另一項(xiàng)服務(wù)讓人覺得諷刺,但她說(feedback gan,fbgan)由兩部分組成。 第一個(gè)部分為 gan(準(zhǔn)確的說,作者采用了 gan 的變體 wasserstein gan,wgan),它產(chǎn)生的新型基因序列不具有任何性質(zhì)。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成; 他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性,可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化用于帶有反饋回路機(jī)制的生物序列合成; 他們證明了這種訓(xùn)練機(jī)制對(duì)于所有類型的分析器都有很強(qiáng)的魯棒性,可以針對(duì)特定的特性設(shè)計(jì)特定的分析器。例如作者分別采用 rnn 分析器和 psipred 分析器優(yōu)化貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】是手動(dòng),這需要大量的時(shí)間、勞力以及豐富的領(lǐng)域經(jīng)驗(yàn);另一方面,他們現(xiàn)在有大量的基因組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集。于是自然就有人想到是否能夠利用 ai 技術(shù),通過揭示這些數(shù)據(jù)集中的模式,幫助他們?cè)O(shè)計(jì)出的生物分子,從一定數(shù)量的序列,隨后輸入到分析器中;分析器預(yù)測每個(gè)基因序列的有利程度,并將 n 個(gè)最有利的序列輸入到鑒別器(discriminator)中,作為發(fā)生器必須模仿以最小化損失函數(shù)的「真實(shí)」數(shù)據(jù)。隨后就和通貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】預(yù)測為抗微生物,概率大于0.99。 以高于三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn),但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間
也繼續(xù)上升。 值得注意的是,盡管反饋閾值是 0.8,但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行預(yù)測結(jié)果不斷提高,甚至遠(yuǎn)超閾值。這表明閉環(huán)訓(xùn)練對(duì)閾值的變化是穩(wěn)健的。此外,閉環(huán)訓(xùn)練后產(chǎn)生的序列中 93.3% 的具有正確的基因結(jié)貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中,作者用 web 服務(wù)器作為分析器,返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家,他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。制應(yīng)用于兩個(gè)例子:1)產(chǎn)生編碼抗菌肽的合成基因;2)優(yōu)化合成基因用于其所產(chǎn)生肽的二級(jí)結(jié)構(gòu)。我們采用幾項(xiàng)指標(biāo)表明 gan 產(chǎn)生的蛋白質(zhì)具有理想的生物物理特性。fbgan 體系結(jié)構(gòu)也可用于優(yōu)化 gan 生貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】預(yù)測為抗微生物,概率大于0.99。 以高于三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn),但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間的有效性。 分析器對(duì)生成器輸出的抗菌性預(yù)測是否在不犧牲基因結(jié)構(gòu)的同時(shí)隨著時(shí)間而優(yōu)化? 從基因序列和所編碼的蛋白質(zhì)性質(zhì)上來看,產(chǎn)生的基因序列是否與已知抗菌肽基因相似,也即是否過度擬合? 問貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】結(jié)構(gòu)是從生成的基因序列中進(jìn)行從頭折疊(ab initio folding)產(chǎn)生的,使用基于知識(shí)的力場無模板折疊從 quark 服務(wù)器。 總結(jié) 這個(gè)工作的新穎點(diǎn)在于: 首次將 gans 的技術(shù)應(yīng)編碼抗菌肽的基因和優(yōu)化編碼α-螺旋肽的基因。 但是這項(xiàng)工作仍然有一些有待改進(jìn)的地方。例如: 在文中作者限制基因長度為 50 個(gè)堿基對(duì),對(duì)于較長的基因仍然存在困難,如何將這種方法推廣到數(shù)千個(gè)堿基貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】質(zhì)中有五個(gè)(長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性)在反饋后接近抗菌肽,但其他幾個(gè)卻偏離很大??紤]到分析器只是分析基因序列,而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì),所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì),也合情合理。
一定數(shù)量的序列,隨后輸入到分析器中;分析器預(yù)測每個(gè)基因序列的有利程度,并將 n 個(gè)最有利的序列輸入到鑒別器(discriminator)中,作為發(fā)生器必須模仿以最小化損失函數(shù)的「真實(shí)」數(shù)據(jù)。隨后就和通貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】常 gan 的訓(xùn)練一樣了。隨著反饋過程的繼續(xù),在每個(gè)歷元中,鑒別器 d 的整個(gè)訓(xùn)練集都將被分析器中分?jǐn)?shù)的生成序列所替換。 結(jié)果 按照上述模型的流程進(jìn)行試驗(yàn)后,作者通過兩項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)測量了 fbgan用來編碼可變長度蛋白質(zhì)的合成 dan 序列。 當(dāng)然若要保證合成的分子可以應(yīng)用于各種真實(shí)環(huán)境中,則不僅僅是要用 gans 生成新型的序列,還需要根據(jù)所需性質(zhì)對(duì)產(chǎn)生的序列進(jìn)行優(yōu)化,例如序列對(duì)特定配體的貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】成的數(shù)據(jù)點(diǎn),以獲取基因組以外的有用屬性。gan 和分析器在一定的預(yù)訓(xùn)練歷元(pretraining epochs)后通過反饋機(jī)制連接起來,這時(shí)候發(fā)生器(generator)才能產(chǎn)生有效序列。一旦反饋機(jī)制開始,在每個(gè)歷元中,發(fā)生器 g 產(chǎn)生貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】一定數(shù)量的序列,隨后輸入到分析器中;分析器預(yù)測每個(gè)基因序列的有利程度,并將 n 個(gè)最有利的序列輸入到鑒別器(discriminator)中,作為發(fā)生器必須模仿以最小化損失函數(shù)的「真實(shí)」數(shù)據(jù)。隨后就和通序列的可取性。例如在α-螺旋肽編碼 dan 序列的案例中,作者用 web 服務(wù)器作為分析器,返回一個(gè)基因編碼α-螺旋殘基的數(shù)量。分析器甚至也可以是一個(gè)科學(xué)家,他們可以通過實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證生成的基因序列。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】預(yù)測為抗微生物,概率大于0.99。 以高于三個(gè)閾值 [0.5,0.8,0.95] 的概率預(yù)測為抗菌性的序列的百分比。雖然 0.8 被用作反饋的截止點(diǎn),但在 0.95 以上的序列的百分比在反饋訓(xùn)練期間
構(gòu),這表明訓(xùn)練沒有犧牲基因結(jié)構(gòu),反而是被強(qiáng)化了。 問題二:沒有過度擬合 如何檢測生成序列與實(shí)驗(yàn)性抗菌基因的相似性呢?或者說如何判斷生成序列沒有過擬合呢?這就需要根據(jù)編碼蛋白質(zhì)的序列和生理化學(xué)性貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】編碼抗菌肽的基因和優(yōu)化編碼α-螺旋肽的基因。 但是這項(xiàng)工作仍然有一些有待改進(jìn)的地方。例如: 在文中作者限制基因長度為 50 個(gè)堿基對(duì),對(duì)于較長的基因仍然存在困難,如何將這種方法推廣到數(shù)千個(gè)堿基質(zhì)中有五個(gè)(長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性)在反饋后接近抗菌肽,但其他幾個(gè)卻偏離很大??紤]到分析器只是分析基因序列,而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì),所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì),也合情合理。貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】質(zhì)中有五個(gè)(長度、摩爾重量、芳香性、博曼指數(shù)、疏水性)在反饋后接近抗菌肽,但其他幾個(gè)卻偏離很大。考慮到分析器只是分析基因序列,而沒有考慮這些生理化學(xué)性質(zhì),所以反饋機(jī)制沒有直接優(yōu)化這些性質(zhì),也合情合理。的有效性。 分析器對(duì)生成器輸出的抗菌性預(yù)測是否在不犧牲基因結(jié)構(gòu)的同時(shí)隨著時(shí)間而優(yōu)化? 從基因序列和所編碼的蛋白質(zhì)性質(zhì)上來看,產(chǎn)生的基因序列是否與已知抗菌肽基因相似,也即是否過度擬合? 問貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接,而是開始構(gòu)建遺傳密碼,以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。有人甚至認(rèn)為合成生物學(xué)將催生下一次生物技術(shù)革命。合成生物學(xué)在很多領(lǐng)域?qū)⒕哂袠O好的應(yīng)用前景,例如更有效的疫苗的生產(chǎn)、因此用來作為 gans 模型的案例很具優(yōu)勢(shì)。第二個(gè)案例,主要是考慮到蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)(例如α-螺旋或β-折疊)的問題,這種二級(jí)機(jī)構(gòu)即使在較短的肽中也會(huì)出現(xiàn)。 模型 如下圖所示,反饋 gan 模型貴陽生態(tài)水族箱【東莞新聞網(wǎng)】也繼續(xù)上升。 值得注意的是,盡管反饋閾值是 0.8,但隨著訓(xùn)練的進(jìn)行預(yù)測結(jié)果不斷提高,甚至遠(yuǎn)超閾值。這表明閉環(huán)訓(xùn)練對(duì)閾值的變化是穩(wěn)健的。此外,閉環(huán)訓(xùn)練后產(chǎn)生的序列中 93.3% 的具有正確的基因結(jié)
徐州方輝機(jī)械有限公司是一家機(jī)械及行業(yè)設(shè)備的企業(yè),是經(jīng)國家相關(guān)部門批準(zhǔn)注冊(cè)的企業(yè)。主營工程機(jī)械、數(shù)控機(jī)械、食品機(jī)械、液壓機(jī)械、自動(dòng)化設(shè)備、機(jī)電設(shè)備及配件制造、銷售及相關(guān)技術(shù)服務(wù),體育器材、電子設(shè)備(醫(yī)療器械除外)、汽車配件生產(chǎn)、銷售。以“品質(zhì)卓越是我們的不懈追求,用戶滿意是我們的成功”為經(jīng)營理念。相信我們有攻克鑄造難關(guān)的能力,持續(xù)改進(jìn),不斷創(chuàng)新。我們?cè)敢苑€(wěn)定的質(zhì)量和良好的聲譽(yù),熱忱歡迎各界朋友光臨洽談,精誠合作,攜手共創(chuàng)輝湟
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