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    NGS分析和基因組學
    使用行業(yè)領先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent讀數(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數據的綜合分析,包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調用和RNA-Seq表達式分析。
    
    序列圖和色譜分析
    修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件,正確的堿基調用并創(chuàng)建一致的序列?;蝾A測、模式、翻譯和變異調用的自動標注?;蛐臀eixing跟蹤自動梯擬合和峰值調用和生成等位基因表。
    
    對齊和樹構建
    使用包括MAFFT和ClustalW在內的可信算法對DNA或蛋白質進行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內的同行評審算法構建系統(tǒng)樹,并為公開準備的圖形調整顯示設置。
    
    分子克隆
    查看質粒圖,自動注釋矢量并用注釋復制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate,Gibson和Gateway克隆。設計引物,找到CRISPR站點并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
    
    搜索、共享和自動化
    針對NCBI進行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數據。導入和導出大多數行業(yè)標準文件格式。建立自動化的工作流程,以提高效率,控制業(yè)務流程,并減少您的研究中的人為錯誤。
    
    Geneious新功能
    新的特征包括改進的火山和PCA圖用于表達分析,新的CRISPR Cpf1選項和限制站點的無表型突變分析。
    
    SnapGene文件導出
    將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中,無縫地導入序列及其注釋和其他元數據。
    
    CRISPR-CPF1特異性評分
    自信地選擇zui佳CRISPR-CPF1引導RNA位點使用新的特異性評分,這是根據對您選擇的數據庫的非目標分析計算出來的。
    
    智能NGS導入
    只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
    
    CRISPR Cpf1選項
    添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點,并在體內具有更高的裂解效率。
    
    RNA-Seq表達分析的火山圖
    在交互式火山圖中可視化基因表達,可以用來突出和跳轉到差異表達基因。
    
    限制性位點無表型突變分析
    自動識別在不影響蛋白質的情況下引入限制位點的編碼序列中的點突變。
    
    漂亮的PCA圖
    具有更好的標簽和新的可視化選項,創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。
    
    創(chuàng)建酶制劑
    不再從其他來源獲取信息。現(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。
    
    更好的FASTQ導入功能
    在導入過程中,成對讀取可以相互關聯(lián),而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設置讀取技術。
    
    為細菌基因組比對更新Mauve插件
    現(xiàn)在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作,使draft基因組對齊和進行基因組整理成為可能。
    
    更好的BLAST服務器管理
    一次設置多個BLAST服務器鏡像,每次搜索時,選擇zui好的一個。不用每次切換鏡像。
    
    NCBI BLAST云支持
    有了NCBI BLAST云之后,設置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個鏡像,Geneious可以與它連接起來。
    
    按索引連接
    連接序列列表并按索引對齊,而不是按照名稱對齊,這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。
    
    序列列表的CSV/TSV導出
    將序列表中的所有序列連同它們的元數據一起導出到CSV或TSV中,這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進行進一步分析。

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